ヘルプにも書いてありませんし、正確に知っているのは作者の方だけかも。

私はこの機能を使った事が無いので分かりませんが、"C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\Spybot - Search & Destroy " にバックアップされたファイルがあると思うので、それを見れば詳しい事が分かるかも知れません。

レジストリーのバックアップには、PickBackをお薦めします。

OS標準のレジストリーエディターでも、簡単にバックアップはできます。
ただし、WinXPの場合リストアは、セーフモードで実行する必要があります。
9x系OS(98,Me)の頃は、簡単にできたんですが、NT系OS(2000,XP)はシステム関係を操作するのがやりづらくなっています。
もっとも、レジストリーが壊れる頻度は、NT系OSとくにXPは非常に低いようです。
壊れやすく修復しやすい9x系OSと壊れにくく修復しにくいNT系OSのどちらがいいか?
壊れにくくとも、絶対に壊れないという保証もない、いったん壊れると修復が非常に困難なOSとどちらがいいのでしょうね。
98SEからPCに入った私には、DOSサポートがないMe9lより、98SEの方が好きなOSです。
2000はメモリー消費量がXPより圧倒的に少なく、低スペックマシンでも使えるいいOSです。しかしXPよりは壊れやすく、壊れるたときの修復のしにくさは、システムの復元があるXPよりも困難です。
同じシステムの復元機能があるMeは、肝心なときに失敗するので当てにするのは危険です。
理想のバックアップは、Acronis True Imageを使用して、HDDごとバックアップしてしまうのが最も確実です。復元成功率は経験上99%を誇ります。
レジストリーのバックアップと併用すると、より完璧に近づくでしょう。