こんにちは。
<1> まず OS などの環境や、トラブル発生時の状況をできるだけ詳しくご報告ください。goko さんが指摘されたように 2k または XP をお使いだと思いますが、
DNS Client サービスを切らずに hpguru's などの大きな HOSTS ファイルを読み込んで、システムがハングしたような状態になったなどの特殊な状況はありませんでしたか?
<2>HOSTS と HOSTS.off を両方ごみ箱に捨ててから、改めて HOSTS の読み込みを行ったらどうなりますか?<3>HOSTS ファイルが削除されると自動的に復活させるようなツール (そんな物があるのかどうか私には分かりませんが) を使っていませんか?私にも詳しい知識はありませんが、まず上記<1>から<3>までを報告・実施されるよう強くお勧めします。
特に、トラブルが解決したか否かにかかわらず、
<1>については必ずご報告ください。
HostsToggle 自体が突然暴走するようなことは考えにくいと思いますので、
<1>の報告がいい加減だと
「自分で変な使い方をして招いたトラブルをソフトのせいにしてるんじゃないの?」と疑われかねません。そうなるとレスは付かないと思います……。

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(追記) 上とは全然関係のない話です。

いま気付いたのですが、HostsToggle で一度「Hosts を無効にする」の設定を行うと、"HOSTS" という大文字名にしてあったファイルが "hosts" という小文字名に変わってしまいますね。機能上の問題はないと思いますけれど。
偉そうなことを書いた手前、環境も明記した方がよろしいでしょうか?

XP-Home (SP1) で MVPS HOSTS ファイルを常用しています。